De natuur en recreatiegebieden rond het vliegveld, zoals het Natuurpark, het Knarbos en de Oostvaardersplassen worden jaarlijks bezocht door vele honderdduizenden mensen. Mensen geven aan deze gebieden te bezoeken vanwege de rust en ruimte. Een groot deel van de bezoekers geeft echter ook aan het dalende Schiphol verkeer nu al als verstorend te ervaren. Dagelijks vliegen honderden toestellen op een hoogte van ongeveer anderhalve kilometer over deze gebieden.
Wanneer vliegtuigen vanaf Lelystad gebruik zullen maken van de uitvliegroute over de Oostvaardersplassen zal deze verstoring boven deze natuurgebieden in Flevoland verder toenemen. Zeker omdat het hier geen dalende vliegtuigen, maar stijgende vliegtuigen met vol motorvermogen op een lage hoogte betreft. Bovendien leidt een van de geplande uitvliegroutes dwars over het drukst bezochte deel van de Oostvaardersplassen.
Voor het Natuurpark, het Knarbos en de Randmeren zal niet alleen stijgend, maar ook landend verkeer leiden tot een forse toename van de verstoring voor recreanten en fauna.
Bovendien heeft de provincie een aantal gebieden middels een provinciale verordening aangewezen als stiltegebied. In deze gebieden wordt de stilte beschermd en mag de geluidsbelasting niet hoger zijn dan 35dB(A). De Oostvaardersplassen en de Stille Kern van het Horsterwold zijn als stiltegebied aangewezen.
Daarnaast zijn er een aantal gebieden aangewezen als Natura2000 gebied. Deze Europese richtlijn gaat nog een stap verder in de bescherming. Zo zal voor elke nieuwe activiteit moeten worden nagegaan of deze negatieve effecten heeft op de aanwezige (vogel)soorten in het gebied. Is dit effect inderdaad negatief of kan het uitblijven van een negatief effect niet met zekerheid worden aangetoond dan kan het bevoegd gezag geen ontheffing verlenen voor deze activiteit. In Flevoland zijn de Oostvaardersplassen, Lepelaarsplassen, het Marker- en IJsselmeer en grote delen van de Randmeren aangewezen als Natura2000 gebied.